在某个时间点的日本，突然出现了文学书全部被染黑的怪异现象。这是由书中带着负面情绪诞生的“侵蚀者”所导致的灾难。被侵蚀的文学书，会逐渐地从人们记忆中消失，最后变得像是从一开始便不曾存在过一样。于是，有特殊能力的“炼金术师”作为特务司书被派遣至图书馆，为了对抗破坏书中世界的“侵蚀者”、为了守护文学，与转世的文豪们一起战斗。